Celkovo zo 109 krajín, na území ktorých sa nachádzajú koralové útesy, až 63 hlási ich poškodenie. Koralovým útesom škodí nielen priame ničenie, ale aj klimatické zmeny, prírodné katastrofy - cyklóny, zemetrasenia a tsunami, koráloví predátori – žraloky, veľryby, hviezdice, či papagájovce. Tiež tomu napomáha človek necitlivým rybolovom, znečisťovaním morskej vody, odplavovaním odpadkov, hnojív a pesticídov. Koraly sú taktiež citlivé aj na štarty raketoplánov, odlesňovanie, turizmus – potápanie, lode a ich kotvy a neprospieva im ani nelegálny obchod s koralmi.
V mnohých častiach sveta ľudia používajú koraly v stavebnom priemysle. Ťažba koralov však narušuje štruktúru celého ekosystému. Prináša so sebou aj množstvo nežiaducich účinkov. Napríklad ťažba koralového vápenca spôsobuje veľké škody. Pobrežie, ktoré je zbavené koralových útesov, takže ochrany, sa tak dostáva pod priamy vplyv morských vĺn, ktoré potom ničia pláže a pobrežie pevniny, či ostrovov.
Aj priveľmi intenzívne pretváranie súše na pobreží môže predstavovať ohrozenie pre koralové útesy. Odlesňovanie a stavebná činnosť spôsobujú znečistenie morskej vody, jej zakalenie, zmeny jej prúdenia, ale aj poškodenie koralov.
Rovnako negatívne sa na živote koralov prejavuje aj nadmerný rybolov a rybolov veľrýb. Lov rýb spôsobuje koralovým útesom i priame škody. Predovšetkým, keď ľudia kladú pasce priamo na koraly, keď rybárske siete vlečené v tesnej blízkosti okolo útesov koraly olamujú, alebo sa na omámenie rýb používajú nálože trhavín. S rybolovom súvisí aj výlov koralových rybičiek chovaných v akváriách. Negatívny dopad majú aj výletné lode a motorové člny, ktorých kotvy ničia koraly rastúce pri morskej hladine.
Štarty rakiet tiež môžu výrazne ovplyvniť život koralov. Doteraz sa vyhodnocovali poznatky vplyvu tejto činnosti na ľudí. Avšak nedávne pozorovania vodného sveta upozornili, že otrasy zeme, silné oteplenie v blízkosti štartovacej plochy a ďalšie sprievodné javy odletov vesmírnych rakiet môžu mať naň negatívny vplyv.
Do života koralov zasahujú aj pesticídy a priemyslové odpady, ktoré ich znečisťujú. Odpadové vody a hnojivá používané v poľnohospodárstve ničia generácie rias, pretože v morskej vode znižujú hladinu kyslíka, ktorý je pre organizmy žijúce na koralových útesoch dôležitý. Obrovské škody napácha aj každé znečistenie mora ropou. Totiž koraly poškodené ropou už nikdy nie sú schopné regenerácie. Medzi znečistenie sa zaraďuje aj zanášanie bahnom. Keď bahno prinášané z pevniny a ostrovov niektorou riekou zakalí vodu, k rastlinám na koralových útesoch sa dostane menej svetla a poškodeniu sa nevyhnú ani symbiotické riasy žijúce v telách koralov.
Oblasť Veľkej koralovej bariéry niektorí označujú za ohrozenú. Dôvodom je napríklad plánovaná výstavba nových prístavov na pobreží Queenslandu, ktoré sú sprievodným javom austrálskeho baníctva. V posledných rokoch vzrastá najmä export uhlia a skvapalneného zemného plynu. Rýchla výstavba na pobreží, vrátane infraštruktúry prístavov, vzbudzuje vážne obavy. Mohla by mať nenapraviteľný dosah na bariéru, keďže sa výrazne zvýši lodná doprava okolo útesov.
Ďalšie nebezpečenstvo predstavujú dravé ryby ako papagájovce. Tie koraly drvia čeľusťami, potom koralovky, ktoré úzkymi čeľusťami vyhryzávajú jednotlivé polypy. Patrí sem aj tŕňová koruna – hviezdica, ktorá vychlípi na koralový útvar svoj žalúdok a postupne celý koral strávi. Pri hviezdiciach pravidelne dochádza k populačným explóziám, počas ktorých zničia celé veľké útesy. Turistická atrakcia v Austrálií prišla za posledných 30 rokov o polovicu svojich koralov, pričom 42% z nich má na svedomí práve hviezdica Acanthaster planci. Hviezdice tohto druhu môžu dorásť do obrích rozmerov, majú 16 – 18 ramien a telo majú pokryté dlhými jedovatými tŕňmi.
Útes ničia aj búrky a tropické cyklóny. Cyklón môže mať šírku vyše 500 kilometrov a vietor v jeho strede môže dosahovať rýchlosť až 300 km/hod. Vo februári 2011 časť útesu postihla najväčšia búrka v dejinách – cyklón Yasi. Cyklón zničil turistické rezorty na ostrovoch, prístavy boli zdevastované prívalovou vlnou a časti útesu rozmetali vlny na prach.
Hviezdica Acanthaster planci
Nielen to však v poslednom čase ohrozilo útes. Nebezpečenstvo predstavovali aj záplavy v Austrálií. Rozsiahle záplavy spôsobujú, že do mora sa vylievajú sladkovodné rieky a sladká voda koraly zabíja. Práve oblasť Queenslandu postihujú často záplavy. Vylievajúce sa rieky tohto poľnohospodárskeho štátu do mora odnášajú počas záplav aj jedovatý a zamorený kal z fariem. Ten sa potom dostáva ku koralom a pokrýva ich. Takýmto spôsobom sa zablokuje potrebný prechod slnečného žiarenia pod morskú hladinu, čo je nevyhnutné pre fotosyntézu. Posledné záplavy boli v rokoch 2012 a 2013, ale veľmi ničivé v roku 1991. Vtedy povodne zničili koraly až do hĺbky 8 metrov. Trvalo potom 10 rokov, kým sa samy obnovili.
Veľká koralová bariéra čelí viacerým ekologickým problémom. Následkom globálneho otepľovania je aj zmena teploty vody, ktorá spolu so znečisťovaním prispieva k úhynu viacerých symbiotických druhov, čo narúša stabilitu celého ekosystému. Zvyšovanie teploty vody z dôvodu klimatických zmien spôsobuje stratu zafarbenia koralov, čo následne vedie k ich úhynu. Smrťou koralov vymiznú aj mnohé druhy rastlín a živočíchov, ktoré sú na koraly naviazané. Toto odfarbovanie sa nazýva „biela smrť“. Blednutie koralov nastáva, keď sú stresované a vypudzujú riasy, ktoré v nich žijú a dodávajú im farbu. Oslabené koraly potom môžu poškodiť ľudia alebo tiež lodné kotvy a bóje. Dlhodobý stres ich môže zabiť úplne, v dôsledku čoho stratia ryby útočisko a zdroje potravy. Problém je často spôsobený práve zmenami vo vode, či už ide o nárast teplôt, sedimentáciu alebo kyslosť. Koraly sa môžu zotaviť, pokiaľ sa do nich vrátia riasy, ale stále sú výrazne oslabené a taktiež náchylnejšie k chorobám. Ak bude mať otepľovanie rovnaký spád ako dnes, vedci sa obávajú, že do roku 2050 budú koralové útesy pokrývať už len riasy. Pokým sa ľudstvu nepodarí obmedziť skleníkový efekt alebo ho aspoň dostať pod kontrolu, budú koraly pravdepodobne umierať aj naďalej.
Blednutie koralov
Koralový útes v Austrálií v roku 2010 poznačila aj čínska loď, ktorá uviazla v útese a spôsobila tu značné škody. Pracovníci, ktorí miesto preskúmali, hovorili o asi kilometrovej trhline v koralovom útese. Loď uviazla pri severovýchodnom pobreží Austrálie. Z plavidla následne začala unikať nafta a na hladine sa vytvorila 3 – kilometrová naftová škvrna. Expertom sa loď o týždeň po havárií podarilo odtiahnuť k neďalekému ostrovu. Plavba ponad vzácne koralové útesy je preto prísne zakázaná.